马庆军于1978年毕业于山东潍坊医学院后分配至山东临朐县医院，1988年山东医科大学硕士毕业，1990年在原北京医科大学攻读博士，师从著名骨科专家党耕町教授，1993年获博士学位后一直在北京大学第三医院骨科工作，历任住院总医师、主治医师、副主任医师、主任医师，骨科副主任，2001年晋升为教授并被聘为博士生导师。多年来，他主持和参与了多项国家及省、市、校级科研项目，多次获得国家及省市级科研成果奖励，参与了卫生部“脊柱疾病的微创治疗”、“颈椎病的微创外科治疗”和“脊柱肿瘤的外科治疗与研究”等重大课题，参与了国家“985”攻关研究，作为项目负责人承担多项国家自然科学基金。他一生挚爱医学，始终以病人为本，用仁爱之心对待所有患者，深受患者爱戴；他从不计较个人得失，从来都是有求必应，用精湛的医术服务患者，体现了医德高尚、大爱无疆的医者情怀；他始终以悬壶济世、救死扶伤为已任，兢兢业业、勤勤恳恳工作在临床一线，从医三十年如一日，全心全意为人民无私奉献，体现了共产党员的优秀风范。作为中华医学会骨科学分会基础学组副组长、中国老年学会脊柱关节疾病委员会副主任委员、中华医学会骨科学分会骨肿瘤学组副组长、《中华骨科杂志》编委，为推动我国骨科基础研究的学术交流发挥了重要作用。2009年获第二届首都十大健康卫士称号。2010年8月11日，北京市卫生局下发《关于在首都卫生系统开展向马庆军学习活动的通知》，号召全系统各级医疗卫生机构组织开展向马庆军学习宣传的活动。同年11月，卫生部授予马庆军“人民健康好卫士”荣誉称号，并号召全国医疗卫生工作者开展向马庆军学习的活动。