北京新型农村合作医疗管理信息系统建设项目于2006年4月4日正式启动。建设内容包括：应用系统建设、网络系统建设与安全体系建设。具体可概括成：两个系统三个机制。分别是参合、补偿应用系统、综合信息查询系统、农村合作医疗基金分析评估机制、农村医疗卫生体系监督与监控机制、面对不同层次对象医疗信息发布机制。将覆盖全市除东城、西城、宣武、崇文和石景山五个城区外（没有农村人口）的其余13个区县的区县、乡镇合管中心以及其他委托经办机构，定点医疗机构。
　　该系统建设完成后将达到如下效果：
　　1 建立起全市新型农村合作医疗信息交换平台和全市新型农村合作医疗中心数据库，集中存储和利用全市农民健康信息和新型农村合作医疗信息，实现人的整个生命周期健康信息的完整记录；
　　2 编制北京市农村合作医疗信息交换标准，为数据共享和设计整合奠定基础，推动全市新型农村合作医疗工作的规范化、标准化，提高新型农村合作医疗的水准；
　　3 逐步实现全市各医院、新型农村合作医疗经办机构、农村卫生服务机构之间医疗卫生信息共享，实现与北京市公共卫生信息平台的数据交换；
　　4 为各级领导和相关业务处室提供完整的农民健康信息、疾病信息和新型农村合作医疗信息；
　　5 开发和研制农民健康信息处理挖掘软件及相应算法，支持领导宏观卫生决策。