2004年8月，北京市卫生局启动了综合指挥调度系统的建设，它是北京市公共卫生信息体系的核心工程。其总体目标包括：实现对潜在公共卫生事件的动态监测与预警；平时能够为领导提供各种信息服务，提供决策支持依据、分析手段；战时能帮助领导有效地调集各种资源，实施疫情控制和医疗救治工作，避免或减轻突发公共卫生事件的危害；实现对突发公共卫生事件的全过程监控和跟踪。
 
　　本系统建成后，实现了对北京市突发公共卫生事件的动态监测与预警，面对突发公共卫生事件，能够为各级领导和参与指挥的业务系统人员和专家，提供各种信息服务；提供数据分析、决策支持、指挥命令实时部署的信息化手段。
 
　　实践证明，综合指挥调度系统的设计思想是科学、正确的，符合北京市整体应急指挥系统的建设思想。