卫生行政许可系统包括：网上审批和一窗式行政许可系统，其建设于2003年9月底开始，目前已建成了包括审批系统、审批相关业务系统、OA系统和安全支撑系统的一个完整的网上审批和办公系统。实现了公卫、妇幼 、医政、血液、中医医政共五类87项行政审批（其中中医管理局为9项）的网上办理，月办理量600余项。
     
　　通过该系统的建设增强了机关优化服务的意识，有利于提高管理效率，使相关行政管理部门依法行政的能力进一步提高，实现行政管理主体从管理者向服务者的转变；有利于干部职工综合业务素质的提高；有利于推进行政许可信息化进程。
     
　　截至2006年9月1日，累计实现了医师执业注册、医疗机构设置审批等87项许可、审批、全程代办的网上受理和审批工作。到2006年9月1日止，累计完成受理申报数量共13766例，业务咨询20829条。