9月
　　市卫生局组织评审专家对协和医院、北医三院、人民医院和妇产医院进行人类辅助生殖技术和人类精子库审核、审批。
　　 
1日
　　市卫生局召开于凯车队先进事迹专场报告会。局长金大鹏号召全市广大医务工作者学习于凯车队，以病人为中心，热情优质服务，把医疗卫生行业建成展现首都精神文明风采的窗口。局党组副书记齐敬宁主持会议。
　　 
2日
　　市卫生局召开卫生系统“医院管理年”和“创建人民满意医院”阶段总结会议。局长金大鹏、局党组副书记张秀芳和卫生部医政司副司长张宗久、总后卫生部医疗管理局副局长李清杰、武警总部后勤部卫生部部长杨希忠、中国医学科学院党委书记刘谦、北京大学医学部党委副书记马焕章等出席会议。金大鹏作总结报告并传达了卫生部“医院管理年”督导组督导北京5所三级甲等医院后的反馈意见，进一步部署下一阶段工作。副局长梁万年解读了市卫生局《医院管理年和创建人民满意医院考评标准》，副局长邓小虹布置了市卫生局《医院管理年和创建人民满意医院督导方案》。
　　会上，市卫生局宣布成立口腔、麻醉和疼痛、病案以及医学整形美容4个市级质量控制和改进质控中心。局长金大鹏代表市卫生局与4个中心负责人分别签订了《目标管理责任书》并授牌。4个中心分别挂靠在口腔医院、天坛医院、朝阳医院和北京整形医院，由市卫生局统一领导，其主要职责是制定本专业质量标准规范，对各级医疗机构实行业务指导；制定专业质量考核方案，对各级医疗机构实施质量督查；组织专家对各级医疗机构进行质量和服务评估。
　　市卫生局工会全面启动市卫生系统“职工重大疾病团体互助保险计划”。
　　 
3日
　　市卫生局局长金大鹏会见香港医院管理局行政总裁何兆炜一行。双方签署《北京市卫生局与香港医院管理局合作备忘录》，确定了今后在医院管理方面合作的领域和方式。
　　经市机构编制委员会办公室批准（京编办行[2005]99号），市卫生局机关增设卫生应急办公室、农村卫生工作处；将原卫生工委内设的组织处、宣传处、统战处划入卫生局；撤销原卫生工委干部处；基层卫生处与妇幼卫生处合并为妇幼与社区卫生处；撤销献血办公室（血液管理处），其职责交由医政处承担；疾病控制与卫生监督处更名为疾病控制处；保卫处更名为安全保卫处；外事处更名为国际合作处；将医政处、原献血办、原疾病控制与卫生监督处、原妇幼卫生处等内设机构承担的卫生监督执法职责统一交由卫生监督所承担，同时加挂卫生监督执法处的牌子。卫生局机关行政编制调整为128人。
　　 
8日
　　市卫生局举办“医院管理年”和“创建人民满意医院”督导员《医院管理年和创建人民满意医院考核评价标准》培训班。市卫生局局长金大鹏作开班动员。
　　市卫生局局长金大鹏主持召开“十一五”期间本市社区卫生服务发展思路及设置规划研讨会。
　　市卫生局召开2006年本市药品集中招标采购工作启动培训会。
　　市卫生局承办北方七省（自治区、直辖市）鼠疫联防工作委员会会议。
　　 
12日
　　北京市召开派驻纪检监察机构统一管理工作动员部署会议。驻卫生局纪检组监察处由市纪检监察机构和驻在部门双重领导改为由纪检监察机关垂直领导，统一管理。
　　 
13日
　　市卫生局召开落实《北京市预防艾滋病母婴传播工作实施方案》动员培训会，启动北京市预防艾滋病母婴传播工作。
　　 
14日
　　市卫生局召开北京市卫生系统国庆节安全保卫工作会议。副局长郭积勇就节前的安全工作提出具体要求。
　　在市委组织部主办的北京市第七届党员教育电视片观摩评比中，市卫生局选送的3部党员电教作品分获特别奖、一等奖、二等奖，同时获得优秀编导奖。局卫生宣传中心被评为制片先进单位。
　　 
14-15日
　　市卫生局信息中心邀请美国科学技术公司对市及各区县卫生信息化工作人员进行培训。此次培训授课内容包括：区域公共卫生信息系统建设规划、建设、评估，公共卫生信息系统开发实例。
　　 
15-17日
　　北京8家医疗卫生机构接受卫生部继续教育评估组评估。
　　 
16日
　　市卫生局召开局系统统战人士“庆中秋、迎国庆”茶话会。市卫生局党组书记、局长金大鹏，局党组副书记张秀芳、齐敬宁，市台办副主任于建民，市侨办副主任赵庆兰等参加茶话会。
　　 
16-17日
　　本市举行2005年医师资格医学综合笔试。5294名考生分别在北京大学医学部等5个考点的195个考场参加了医学综合笔试。市卫生局、市中医管理局派出巡考员对各考点进行了巡查。
　　 
19日
　　市卫生局依据《中国预防与控制艾滋病中长期规划（1998-2010）》，结合近年全国和本市防治艾滋病的新情况、新特点，组织制定下一个艾滋病防治5年计划。
　　市卫生局机关副处级领导职务竞争上岗工作开始。
　　 
20日
　　全市开展流感疫苗接种工作。
　　 
21日
　　市卫生局党组副书记张秀芳率急救中心、妇产医院、卫生监督所等单位的100名代表参加首都窗口行业奥运培训启动仪式。
　　 
23-27日
　　针对国家审计署审计中发现的问题，卫生部检查友谊、宣武、儿童等3家医院落实整改情况。
　　 
28日
　　市卫生局召开直属单位党政一把手、局机关各处室处长会。副局长郭积勇传达市委、市政府国庆安全工作会议精神和市委书记刘淇、市长王岐山、市委副书记强卫的讲话。局党组副书记张秀芳、常务副局长梁万年出席会议。
　　卫生部检查组检查北京市职业卫生和放射卫生技术（甲级）服务机构工作。
　　 
29日
　　北京市“十一五”卫生科技需求调研启动。市卫生局在全市范围内开展北京市卫生科技需求调研，对公共卫生、基础医学、临床医学、信息建设等方面科技需求进行全面调查。
　　 
30日
　　市卫生局局级领导分11个组，深入医院检查安全生产工作。安排在节日期间，对安贞医院、积水潭医院、儿童医院、血液中心、首都儿科研究所、疾控中心、佑安医院、地坛医院等8家重点医疗单位进行安全生产工作抽查。
　　6月以来，市卫生局分3批在21家直属医院启动了全成本核算工作，至9月底结束。